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nanoporetech 使用納米孔測序技術(shù)的微生物學(xué)

更新時(shí)間:2021-02-08點(diǎn)擊次數(shù):1408

 

 nanoporetech 使用納米孔測序技術(shù)的微生物學(xué)

完整的細(xì)菌,真菌和病毒(DNA或RNA)基因組,可進(jìn)行長時(shí)間的納米孔測序。通過快速的病原體檢測方法(無論是在實(shí)驗(yàn)室還是在野外),從環(huán)境或單一生物樣品中鑒定并鑒定微生物。如果需要,還應(yīng)附有抗菌素耐藥性分析。使用直接RNA或cDNA方法對全長轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行測序,以進(jìn)行準(zhǔn)確的基因表達(dá)和轉(zhuǎn)錄本亞型分析。

 
  • 通過長讀和超長讀來簡化從頭組裝并校正參考基因組
  • 解決結(jié)構(gòu)變化和重復(fù)區(qū)域
  • 測序和定量全長轉(zhuǎn)錄本,以進(jìn)行明確的基因表達(dá)和亞型分析
  • 通過直接測序消除偏倚并鑒定表觀遺傳修飾
  • 實(shí)時(shí)獲取結(jié)果,包括物種識別
  • 使用Flongle,MinION,GridION或PromethION擴(kuò)展到您的需求

 

 

全面分析微生物基因組(DNA或RNA)。準(zhǔn)確定位重復(fù)區(qū)域和結(jié)構(gòu)變異,并使用長測序讀數(shù)將質(zhì)粒與基因組區(qū)分開。簡化從頭組裝并更正現(xiàn)有的參考基因組。可擴(kuò)展以適應(yīng)您從工作臺到現(xiàn)場的需求。

  • 準(zhǔn)確解析具有挑戰(zhàn)性的基因組區(qū)域(結(jié)構(gòu)變異和重復(fù)) 
  • 簡化從頭組裝和正確的參考基因組,長讀
  • 使用全基因組,靶向和多路復(fù)用方法
  • 無需PCR的直接DNA和RNA測序消除了偏倚
  • 通過實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)流獲得即時(shí)結(jié)果
  • 可擴(kuò)展以滿足您的需求-1.8 Gb Flongle;30 Gb MinION;150 Gb GridION; 4,800 / 9,600 Gb PromethION P24 / P48

 

 

實(shí)時(shí)準(zhǔn)確識別微生物和相關(guān)的抗藥性(AMR)。Oxford Nanopore提供了完整的解決方案-從快速的10分鐘文庫制備(DNA)到使用EPI2ME平臺的實(shí)時(shí)系統(tǒng)發(fā)育和AMR分析。使用宏基因組或靶向16S rRNA方法。使用便攜式MinION或臺式GridION或PromethION設(shè)備在樣品源處或?qū)嶒?yàn)室中進(jìn)行測序。

  • 實(shí)時(shí)識別微生物和AMR,并通過長時(shí)間閱讀來區(qū)分密切相關(guān)的菌株
  • 快速的全基因組或靶向(例如16S)方法簡化了工作流程
  • 使用便攜式MinION和Flongle在樣品源處進(jìn)行測序
  • 多重樣品獲得更具成本效益的結(jié)果
  • 可擴(kuò)展以滿足您的需求-1.8 Gb Flongle;30 Gb MinION;150 Gb GridION; 4,800 / 9,600 Gb PromethION P24 / P48

 

使用全長納米孔測序讀數(shù),解析轉(zhuǎn)錄本亞型并測量真實(shí)的基因表達(dá)譜。低投入量與快速,簡化的工作流程相結(jié)合,可進(jìn)行高度敏感的基因表達(dá)分析

  • 測序完整的全長轉(zhuǎn)錄本,以明確鑒定轉(zhuǎn)錄本亞型
  • 準(zhǔn)確定量同工型以進(jìn)行敏感的基因表達(dá)分析
  • 使用直接cDNA或直接RNA測序消除PCR偏倚
  • 輕松識別反義轉(zhuǎn)錄本和lncRNA亞型
  • 新增功能:使用更新的RNA和cDNA測序試劑盒,只需較少的投入即可獲得更高的產(chǎn)量

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微生物表現(xiàn)出許多類型的堿基修飾,可影響一系列功能,包括基因表達(dá)和抗菌素耐藥性。與基于替代測序的分析方法不同,納米孔測序不需要擴(kuò)增或鏈合成,可以減少偏差并保留修飾的堿基信息,這些信息可以與核苷酸序列一起直接檢測到-無需額外的樣品轉(zhuǎn)換。 

  • 在一次測定中鑒定修飾的堿基和核苷酸序列
  • 將基本修改記錄為標(biāo)準(zhǔn)-準(zhǔn)備就緒時(shí)進(jìn)行分析
  • 使用無PCR的全基因組,全轉(zhuǎn)錄組或靶向測序方法
  • 使用核苷酸類似物探索基因組復(fù)制
  • 快速的10分鐘文庫制備(DNA)-不需要亞硫酸氫鹽或化學(xué)轉(zhuǎn)化
  • 使用越來越多的工具來分析數(shù)據(jù)

 

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